Η λαογραφική συλλογή του μουσείου φιλοξενείται στο υπόγειο και είναι διατεταγμένη σε θεματικές ενότητες. Η πρώτη ενότητα είναι ο οίκος και τα αντικείμενα του νοικοκυριού (λεκανίδες, στάμνες, σκάφες, μπακράτσια, μπρίκια, πιατοθήκες, αντρομίδες και κιλίμια κλπ). Στη συνέχεια αναπτύσσονται τα επαγγέλματα, το καθένα σε χωριστή προθήκη: ο γεωργός, ο τσαγκάρης, ο ξυλουργός, ο καραβομαραγκός, ο σιδηρουργός, ο βαρελάς, ο αμπελουργός, ο κουρέας-οδοντογιατρός...Ο αυθεντικός εξοπλισμός ενός ελαιοτριβείου αλλά και η προσομοίωση μια στοάς ορυχείου κλείνουν την ενότητα. Μέσα από τη λαογραφική συλλογή μπορεί κανείς να αναβιώσει τη μικρή κοινωνία της Αλοννήσου των αρχών του 20ού αιώνα.
